Stesso problema sulle due piattaforme, anzi doppio problema. PDF online o offline?
o meglio:
 
ONLINE:
su IOS pare che aprendolo con Safari il problema non si ponga, ovvero te lo apre con il suo plugin
Quindi bisogna ricordarsi di mettere nel link target=”_system” e di modificare l’apertura dei link nel codice in objective C.
Su Android invece ti scarica il file e te lo apre con l’app che hai installata e che permette la visualizzazione dei pdf.

 http://stackoverflow.com/questions/17520348/open-pdf-in-the-phonegap-app-that-is-made-in-html-and-css

__
OFFLINE:
Su IOS.. bhO!?! devo ancora provare con Safari
Su Android niente da fare invece consigliano di mettere il plugin PDFjs, che è poi lo stesso che usa mozilla firefox per visualizzare i pdf.
In questo modo però non si hanno i tool che normalmente si avrebbero con l’app Adobe Reader.

 http://community.phonegap.com/nitobi/topics/unable_to_open_local_pdf_in_android

—
interessanti, ma offtopic: http://www.tricedesigns.com/2014/01/08/generating-pdf-inside-of-phonegap-apps/